Sungguhpun alatan dan kaedah khusus dicipta bagi arkeologi bawah air, matlamat serta proses arkeologi ini masih sama dengan arkeologi di darat. Namun begitu, arkeologi bawah air bercenderung untuk mengambil masa yang lebih lama serta lebih mahal daripada arkeologi darat bertaraf sama.[5]

Satu aspek penting ialah pengurusan logistik seperti pengurusan kapal serta operasi selaman. Kedalaman badan air serta kekangan akses akibat pasang surut dan cuaca tak menentu dapat menjadi halangan kepada kaedah yang boleh dipakai serta skala projek arkeologi yang dapat dilakukan. Kebanyakan tapak-tapak yang paling dijaga telah banyak bergantung kepada ahli arkeologi sambilan dalam tempoh yang lama.[7]